Ce que nous appelons microbiote intestinal aujourd’hui, nommé il y a encore quelques années flore intestinale, est en fait l’écosystème de notre organisme enfermant une grande diversité d’espèces bactériennes participant à notre bonne immunité. Explications.

Au sein de son tube digestif, l’homme héberge des milliards de micro-organismes vivant en bonne intelligence avec lui : c’est cet écosystème que l’on appelle le microbiote intestinal. Chez l’homme, celui-ci est constitué de plus de 1 000 espèces de bactéries différentes, mais aussi de virus, de champignons et de levure, tolérés par le système immunitaire puisque, justement, ces micro-organismes jouent un rôle fondamental dans son développement et sa régulation. Dès lors, le microbiote devient une barrière protectrice.

Professeur de gastro-entérologie et co-auteur de l’ouvrage « Le microbiote, cet organe à part entière », Philippe Marteau explique le phénomène : « Dans cet écosystème de notre corps, les cellules humaines et les cellules microbiennes travaillent ensemble et échangent des informations, naturellement triées pour que celles sélectionnées nous soient bénéfiques. L’idée est alors de nous protéger contre les infections, de nous aider à la digestion ou encore de permettre la sécrétion de molécules bonnes à la santé de l’hôte. »

L’idée est alors de nous protéger contre les infections, de nous aider à la digestion ou encore de permettre la sécrétion de molécules bonnes à la santé de l’hôte

De l’eubiose à la dysbiose

Si dans des conditions normales, le microbiote intestinal est à l’équilibre, c’est-à-dire en « eubiose », reste que sa composition peut varier au cours de la vie. En effet, certains phénomènes peuvent venir le perturber transitoirement en raison de conditions extérieures, notamment, comme un régime alimentaire non adapté, des infections virales ou bactériennes, ou encore la prise d’antibiotiques… Dès lors certains déséquilibres vont pouvoir se manifester avec des conséquences néfastes sur la santé : on parle alors de dysbiose.

Dysbiose = risques de maladies ?

Des déséquilibres dont on dit qu’ils participent au développement de nombreuses maladies telles que l’obésité, la dépression, l’autisme, les allergies ou encore de nombreuses pathologies digestives. Par exemple, on attribue au microbiote intestinal un rôle important dans la physiopathologie du syndrome de l’intestin irritable (SII) qui, en touchant 10 à 15% de la population, reste la plus fréquente des pathologies intestinales. De même, il apparaît que les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin comme la maladie de Crohn et la rectocolite ulcéro-hémorragique, sont la conséquence d’une réponse immunitaire intestinale inadaptée à l’encontre des bactéries habituelles du microbiote. Certaines études l’impliquent aussi dans le stockage des graisses et l’obésité. La dysbiose aurait également des effets directs ou indirects sur des processus biologiques modulant le risque de diabète et pourrait aussi être liée à certains troubles mentaux, comme la dépression et l’autisme…

La dysbiose aurait également des effets directs ou indirects sur des processus biologiques modulant le risque de diabète

Microbiote intestinal : son rôle d’immunité expliqué

Ainsi, on considère aujourd’hui le microbiote intestinal comme un organe supplémentaire du corps humain, un organe jouant un rôle clé d’immunité pour aider l’organisme à se défendre des agressions extérieures. Il faut savoir que la majeure partie des cellules immunitaires (60 à 70 %) est située dans l’intestin. Or, pour bien fonctionner, le système immunitaire intestinal collabore étroitement avec le microbiote intestinal. L’écosystème intestinal, en effet, est composé de trois éléments qui fonctionnent en synergie et qui, chacun à leur niveau, vont intervenir dans le processus de défense. Par exemple, le microbiote intestinal et ses 100 000 milliards de bactéries contribuent à empêcher les bactéries pathogènes de coloniser l’intestin, un mécanisme appelé « effet barrière ». De son côté, la muqueuse intestinale par son étanchéité va empêcher les micro-organismes inopportuns de pénétrer dans l’organisme, jouant alors un rôle de « filtre ». Le système immunitaire intestinal, enfin, va lui assurer la défense de l’organisme face aux agresseurs.

D’où viennent les déséquilibres du microbiote ?

Mais alors quels sont ces éléments qui viennent perturber la flore intestinale de l’individu, son microbiote dirait-on aujourd’hui ? Le Professeur Marteau revient sur ce phénomène de dysbiose : « La première des choses à laquelle on pense, ce sont les antibiotiques, ou d’autres médicaments qui, s’ils s’accumulent dans le colon, peuvent créer une pression de sélection sur les microbes et les modifier. Certaines infections qui viennent se mêler au microbiote peuvent aussi le déséquilibrer ainsi que des changements d’alimentation. » Nombreuses sont d’ailleurs les études scientifiques venant étayer le propos, et prouvant que le microbiote se façonne en fonction de ce que nous mangeons ou des médicaments que nous prenons, les antibiotiques en tête…

Nombreuses sont d’ailleurs les études scientifiques venant étayer le propos, et prouvant que le microbiote se façonne en fonction de ce que nous mangeons ou des médicaments que nous prenons

Le microbiote chez le jeune enfant

Il faut savoir aussi que si chez l’adulte sain, la diversité d’espèces du microbiote intestinal est très stable dans le temps, il n’en n’est pas de même aux âges extrêmes de la vie, à savoir chez le nouveau-né et la personne âgée. En réalité, la colonisation microbienne débute à la naissance.

Dès ce moment, en effet, des micro-organismes extérieurs envahissent le tube digestif suite aux premiers contacts de l’enfant avec son environnement (l’environnement, l’allaitement, l’alimentation, la respiration, etc.). Ainsi, l’enfant en bas âge présente dans ses premières années un microbiote intestinal de plus en plus diversifié et complexe qui se stabilise vers l’âge de 2 à 3 ans. On dit même que contrairement à ce qui a toujours été établi ou cru, le foetus, dès le ventre de la maman, n’évoluerait pas dans un monde stérile. « Nous savons désormais que des bactéries sont présentes dans les selles fœtales (le meconium) ainsi que dans le liquide amniotique », explique ainsi le Professeur Olivier Goulet, spécialiste en gastro-entérologie, hépatologie, nutrition et pédiatre à l’hôpital Necker.

Le microbiote chez le senior

Si le microbiote intestinal se stabilise après l’âge de 2-/3 ans, l’arrivée de la soixantaine marque le début d’un nouveau cycle de maturation. En effet, avec le vieillissement, le microbiote intestinal perd en stabilité. Le nombre de certaines espèces de bactéries diminue, d’autres augmentent. La modification du mode de vie et des comportements nutritionnels sont en grande partie responsable de son évolution. Plusieurs éléments influencent directement la composition du microbiote intestinal : l’évolution des habitudes alimentaires (diminution de la diversité des aliments et de certaines catégories de produits), des modifications de la physiologie digestive au fil des années. Mais aussi, la baisse d’activité physique ou l’inactivité (la sédentarité), l’augmentation de la consommation de médicaments (antibiotiques, laxatifs, inhibiteurs de la pompe à proton, etc.) ou encore le déclin du système immunitaire avec l’âge.

Avec le vieillissement, le microbiote intestinal perd en stabilité

Comment contrôler alors l’équilibre du microbiote intestinal ?

« On peut y parvenir en donnant des choses différentes à manger au microbiote, et donc en modulant notre alimentation et notamment celle qui arrive au colon, c’est-à-dire les fibres », explique le Professeur Marteau. Sans oublier, non plus, de parler du rôle des prébiotiques et des probiotiques. Quand les prébiotiques sont des molécules alimentaires, des fibres, qui modulent le microbiote (on en trouve dans des aliments comme les asperges, la banane ou encore l’ail), les probiotiques, eux, sont en fait des microbes que l’on va rajouter dans le microbiote pour le renforcer.

Chez l’enfant, le Professeur Goulet conseille lui « l’allaitement maternel qui est bénéfique pour la composition et la diversité du microbiote et favorable à la santé immédiate et future de l’enfant, mais aussi d’éviter autant que possible le recours aux « bavoirs chimiques » dont les effets secondaires remettent en cause une partie de leurs prescriptions. » Et d’ajouter que « les médicaments antiacides sont inutiles au long cours et altèrent le microbiote tandis que la prise répétée d’antibiotiques influence aussi le microbiote intestinal, réduit sa diversité et augmente le risque de diarrhée. »

Les médicaments antiacides sont inutiles au long cours et altèrent le microbiote tandis que la prise répétée d’antibiotiques influence aussi le microbiote intestinal

Probiotiques : quels rôles jouent-ils ?

Une dysbiose du microbiote intestinal peut en effet entraîner des diarrhées, une constipation ou encore des ballonnements de façon chronique. La prise de souches microbiotiques spécifiques peut alors améliorer le confort digestif et réguler le transit. Il existe d’ailleurs des micronutriments capables de restaurer les propriétés du microbiote de manière bénéfique : les fameux prébiotiques et probiotiques. Mais alors, que désigne-t-on sous le terme de probiotique ? Il s’agit en fait d’un microorganisme vivant, qui, une fois ingéré en quantité adéquate a un effet thérapeutique sur l’hôte en contribuant à empêcher la prolifération de germes indésirables tout en entraînant un certain nombre d’effets bénéfiques sur la santé.

La majorité des souches de probiotiques appartient aux genres Lactobacillus, Bifidobacterium, Lactococcus ou encore Streptococcus

Principalement, les probiotiques sont des bactéries ou des levures d’origine humaine, laitière ou végétale, présentes ou non dans le microbiote intestinal. La majorité des souches de probiotiques appartient aux genres Lactobacillus, Bifidobacterium, Lactococcus ou encore Streptococcus. On peut aussi retrouver des probiotiques dans les aliments préparés par fermentation bactérienne comme le yogourt, le kéfir, la choucroute, le miso, les cornichons ou encore dans certains type de fromages.

Aujourd’hui, l’intérêt des probiotiques dans la prévention et le traitement de nombreux troubles et pathologies est reconnu, notamment dans la prévention des inconforts digestifs tandis que d’autres pistes prometteuses quant à leurs effets bénéfiques font l’objet de nombreuses études…

Du côté des prébiotiques…

De leur côté, les prébiotiques sont des composés non-digestibles qui, via la métabolisation par les microorganismes de l’intestin, modulent la composition et/ou l’activité du microbiote intestinal. On les trouve dans notre alimentation (principalement à partir des fibres), et ils servent de nourriture au microbiote intestinal. L’oignon, l’ail, le poireau, l’asperge, le riz, l’avoine, la banane, le salsifis, les racines de chicorée, ou encore le cœur d’artichaut… en sont une excellente source.

Alors, retenons bien que plus de 60% de nos cellules immunitaires sont présentes au niveau de notre microbiote intestinal, et que pour stimuler nos défenses, un apport en probiotiques peut se révéler très intéressant. Selon le problème immunitaire  identifié (allergies, infections hivernales, mycoses…), il est bien sûr important de sélectionner les bonnes souches probiotiques, et en concentration suffisante.